Για τους επόμενους αιώνες οι πληροφορίες που υπάρχουν είναι ελάχιστες. Στις δυτικές μεσαιωνικές πηγές - κυρίως γεωγραφικά κείμενα και χάρτες - το όνομα του νησιού εμφανίζεται παραλλαγμένο με διάφορες μορφές (Sidra, Sidre, Sidera, Sidero, Sidro κ.α.), ενώ δεν έχει διευκρινιστεί ο χρόνος καθιέρωσης του σημερινού ονόματος.
Σύμφωνα με την επικρατέστερη ετυμολογία, η ονομασία της Ύδρας οφείλεται στον υδάτινο πλούτο της κατά το απώτατο παρελθόν.
Το νησί είχε κατοικηθεί ήδη από την ύστερη νεολιθική εποχή, όπως μαρτυρούν αρχαιολογικές ανασκαφές στη θέση Επισκοπή έχουν διασωθεί ίχνη αρχαίων οικισμών. Αργότερα, στους μυκηναϊκούς χρόνους, στην Ύδρα εγκαταστάθηκαν οι Δρύοπες, ένας λαός ο οποίος ζούσε προηγουμένως στις ορεινές περιοχές της Οίτης και του Παρνασσού και ο οποίος κατέφυγε στο νησί κάτω από την πίεση των Δωριέων.
Στους αιώνες που ακολούθησαν παρέμενε ένας τόπος τραχύς και σχεδόν έρημος, αποκομμένος από την ιστορική και πολιτιστική εξέλιξη.