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纳克索斯历史起源都隐藏在遍地神话的区域之中。考古发现（格罗塔，宙斯岩洞）表明自公元前4000年即已存在成熟的社区。
而且，在公元前3000年时，纳克索斯在爱琴海地区拥有强势地位，因为它是所谓的“基克拉迪文明”的重要中心。我们对这个时期的了解来自于在丧葬方面的考古发现（在格罗塔、卡斯特拉吉村和帕诺尔莫斯村）以及著名的基克拉迪雕像（大理石人形雕像）。在此期间，基克拉迪人走向大海并发展出航海技能，从而开辟了与栖居于爱琴海和东地中海沿岸的各个民族的交流渠道。在公元前2000年初期，克里特文明开始主宰爱琴海。约公元前1760年圣托里尼上的火山爆发（这可能是人类经历过的最具破坏性的火山爆发），此次火山爆发导致克里特的米诺斯文化突然衰落，迈锡尼文明力量开始涌现。纳克索斯成为希腊中部与东部之间的桥梁。迈锡尼时期（1600至1100年）的纳克索斯首都的一部分在都市广场下被发现（格罗塔的考古遗址）。
在接下来的几年中，爱奥尼亚人占据着纳克索斯。岛屿的重要历史时期是古希腊时期（公元前7 - 6世纪），在此期间岛屿空前繁荣：艺术、雕塑，尤其是建筑开始蓬勃发展。在公元前490年，纳克索斯被波斯人摧毁，后者试图扩大在希腊海域的影响力。纳克索斯从此未能完全恢复也未曾设法恢复其旧日的辉煌。在萨拉米斯战役中波斯人被希腊人最终打败，之后纳克索斯成为雅典联盟的成员。在公元前41年，它成为罗马的一个省并被作为流放地使用。
在拜占庭时代和基督教时代早期，纳克索斯均处于被遗忘的状态。然而，其在非常早的时候就开始建造各种风格和类型的教堂和修道院，并装饰以极高质量的壁画；因此今天我们将这一时期称为“纳克索斯拜占庭奇迹”。从公元7世纪起，撒拉逊海盗和其他航海势力为争夺拜占庭爱琴海的统治权而发生冲突，这对岛屿居民的经济、文化、生活造成毁灭性打击。纳克索斯居民迁移到内陆。拜占庭纳克索斯的首都位于Aparilos城堡山脚下，位于岛屿的中心。
在1207年，马科斯•森欧杜斯（威尼斯总督的侄子）接管该岛。他连续征服了爱琴海的18个岛屿，并建立了爱琴海公国，将纳克索斯作为公国所在地。山脉是城市的天然卫城，森欧杜斯在岛屿古卫城旧址上使用古城材料建立纳克索斯镇的城堡。森欧杜斯接管纳克索斯后，他将岛屿分成56个区域，分派官员并实行封建制度。在中世纪时代，当地人非常贫困，对他们自己的土地没有处置权利，并且被迫为了贵族的利益而耕种。在1537年土耳其人接管该岛并保留了封建制度。
1820年12月在纳克索斯，秘密组织友谊社第一批成员宣誓。在1821年革命期间，纳克索斯人在民族解放斗争中发挥了积极作用。1830年根据伦敦条约，纳克索斯连同基克拉迪群岛的其他地区被并入希腊政府。从那一刻起，它便开始追随希腊其余地区的历史进程。
在接下来的几年中，爱奥尼亚人占据着纳克索斯。岛屿的重要历史时期是古希腊时期（公元前7 - 6世纪），在此期间岛屿空前繁荣：艺术、雕塑，尤其是建筑开始蓬勃发展。在公元前490年，纳克索斯被波斯人摧毁，后者试图扩大在希腊海域的影响力。纳克索斯从此未能完全恢复也未曾设法恢复其旧日的辉煌。在萨拉米斯战役中波斯人被希腊人最终打败，之后纳克索斯成为雅典联盟的成员。在公元前41年，它成为罗马的一个省并被作为流放地使用。
在拜占庭时代和基督教时代早期，纳克索斯均处于被遗忘的状态。然而，其在非常早的时候就开始建造各种风格和类型的教堂和修道院，并装饰以极高质量的壁画；因此今天我们将这一时期称为“纳克索斯拜占庭奇迹”。从公元7世纪起，撒拉逊海盗和其他航海势力为争夺拜占庭爱琴海的统治权而发生冲突，这对岛屿居民的经济、文化、生活造成毁灭性打击。纳克索斯居民迁移到内陆。拜占庭纳克索斯的首都位于Aparilos城堡山脚下，位于岛屿的中心。
在1207年，马科斯•森欧杜斯（威尼斯总督的侄子）接管该岛。他连续征服了爱琴海的18个岛屿，并建立了爱琴海公国，将纳克索斯作为公国所在地。山脉是城市的天然卫城，森欧杜斯在岛屿古卫城旧址上使用古城材料建立纳克索斯镇的城堡。森欧杜斯接管纳克索斯后，他将岛屿分成56个区域，分派官员并实行封建制度。在中世纪时代，当地人非常贫困，对他们自己的土地没有处置权利，并且被迫为了贵族的利益而耕种。在1537年土耳其人接管该岛并保留了封建制度。
1820年12月在纳克索斯，秘密组织友谊社第一批成员宣誓。在1821年革命期间，纳克索斯人在民族解放斗争中发挥了积极作用。1830年根据伦敦条约，纳克索斯连同基克拉迪群岛的其他地区被并入希腊政府。从那一刻起，它便开始追随希腊其余地区的历史进程。